紫外线消毒效果取决于紫外线消毒系统设计的紫外线剂量，即紫外线灯管强度和照射时间的分配。紫外线灯管的性能品质也是影响消毒效果的主要因素。除此之外，紫外线消毒系统的设计、安装及处理水体的污染成分也是影响紫外线消毒系统性能的重要因素。
(1)紫外线消毒系统的设计缺陷
主要是由于反应器的设计参数选择不当而引起的不利影响。
(2)紫外线消毒系统安装
安装有时也会影响紫外线消毒消毒的效果。例如，UV强度的变化和辐射时间的分配，最终导致UV剂量的分配不均匀。一般来说，UV强度的分配不均匀是由下列因素引起的；
(i)系统内UV灯的安装不均匀；
(ii)系统内部缺少理想的径向混合条件；
(iii)水中颗粒物的影响(吸收或分散效应)；
(iv)液体介质的吸收作用。
辐射时间的分配不均主要是由不合理的水力状况导致纵向混合不彻底而引起的。
表紫外线消毒消毒系统对主要污染成分的影响

成分	影响
有机物	无影响或影响不大，除非BOD中腐殖物所占的比例很大
腐殖物	UV辐射的强吸附剂
油脂类	能在石英套管上积聚，吸附UV辐射
PH值	能影响金属和碳酸盐的溶解度
氨	无影响或影响不大
硬度	钙、镁和其他盐类能在石英套管上形成矿物沉积，特别是温度高时
碱度	能影响结构潜势，对可能吸收UV的金属的溶解度也有影响
TSS	吸收UV辐射，能屏蔽包裹在其中的微生物
TDS	能影响结垢潜势和形成矿物沉积
铁	UV辐射的强吸附剂，能在石英套管上沉积，并屏蔽包裹于其胶体中的微生物
锰	UV辐射的强吸附剂
亚硝酸盐	无影响或影响不大
硝酸盐	无影响或影响不大
工业排水	视其组分而定（如染料），可能造成透射率日夜及季节变化
暴雨入流	视其组分而定，可能造成短期季节性透射率变化